Il museo nasce nel 1857 con la donazione alla collettività di alcune pregevoli collezioni naturalistiche, arricchite in seguito da altre di archeologia preistorica, etnografia, culture extraeuropee, etc. Tra i donatori la figura più significativa, cui è intitolato il museo, è quella di Giuseppe Scarabelli, iniziatore degli studi di preistoria italiana e pioniere della geologia dell'Appennino, oltre che rilevante personalità in campo politico e civile. Il museo è stato riaperto nel 1995 dopo lavori di catalogazione e restauro, condotti nel rigoroso rispetto dell'interessante allestimento museografico ottocentesco di matrice positivistica, uno dei pochissimi ancora conservati in Italia.